در درمان شقاق مقعد عوامل و متغیرهای فراوانی دخیل هستند که می‌توانند تعیین‌کننده مدت زمان درمان باشند. اولین متغیر به شدت عارضه بازمی‌گردد. در این حالت طبیعی است که هرچه عارضه عمیق‌تر و طولانی مدت‌تر باشد به همان اندازه وقت و انرژی برای درمان شقاق مقعدی صرف‌شود. دومین مورد به نحوه درمان شقاق مقعدی مربوط است.
پزشک سعی می‌کند با تجویز داروها بنا به شرایط بیمار درمان شقاق مقعدی را سرعت ببخشد. در نهایت امر نیز چنانچه این روش‌ها به نتیجه نرسید، نوبت به انجام عمل جراحی با لیزر می‌رسد. طبیعتاً دوران نقاهت پس از انجام عمل لیزر به میزان دستکاری انجام شده توسط پزشک بازمی‌گردد.
بنابراین به صورت قطع نمی‌توان زمان خاصی را برای درمان شقاق مقعدی در نظر گرفت. به همین دلیل تنها مرجع تعیین کننده در این زمینه پزشک معالج است. تنها مشورت با وی است که می‌تواند زمان تخمینی را برای پایان درمان شقاق مقعد مشخص کند.